カブトガニが生息する砂浜や干潟は、埋め立てなどの人為的な改変が行われる可能性が高く、こうした環境改変によりカブトガニの個体数が減少しています。

カブトガニを守るため、岡山県笠岡湾や佐賀県伊万里湾のカブトガニ繁殖地が国の天然記念物に指定されています。また、カブトガニは、環境省のレッドデータブックでは絶滅危惧Ⅰ類(CR+EN)(絶滅の危機に瀕している種)に指定されています。